El CNMSF es un organismo nacional que reúne las diversas entidades del sector público y privado para gestionar de manera efectiva y oportuna la aplicación del Acuerdo sobre la Aplicación de Medidas Sanitarias y Fitosanitarias (Acuerdo MSF) de la Organización Mundial del Comercio (OMC), así como aquellos compromisos asumidos por el Estado Dominicano en el marco de otros Acuerdos y Convenios suscritos en el ámbito bilateral y regional en asuntos sanitarios, fitosanitarios e inocuidad de los alimentos, diseñando las estrategias necesarias para la obtención de las más amplias y mayores ventajas derivadas del comercio.

Ser un organismo nacional capaz de responder en forma práctica, ágil y simple, a los requerimientos  de adopción de acciones necesarias para lograr el nivel adecuado de protección sanitaria, fitosanitaria  y de inocuidad de los alimentos en el territorio dominicano, según  lo establecido en el Acuerdo MSF, en las normas internacionales, y en base a las exigencias de la dinámica del proceso de comercializar animales, plantas, productos y subproductos agropecuarios, garantizando la protección de la vida y salud humana, de los animales y los vegetales, para mejorar y fortalecer el acceso de nuestros productos en los diferentes mercados.

Velar por la observancia general de la legislación y las políticas del Estado Dominicano en materia sanitaria y fitosanitaria basadas en principios científicos, con miras a proteger la vida y salud de las personas, animales y preservar los vegetales, al tiempo de facilitar el comercio nacional e internacional de mercancías, productos y alimentos inocuos.